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String数据库教程(String数据库简介)

String数据库是什么类型的数据库?String数据库是一个可以用来检索已知蛋白和预测蛋白之间相互作用的数据库。除了可以对这些蛋白生成精美的蛋白质-蛋白质-互相作用(PPI)图,还提供了输入蛋白的的分析,包括常见的功能富集分析(GO、KEGG),参考出版物等。

研究蛋白之间的相互作用网络,有助于挖掘核心的调控基因。String数据库(https://string-db.org/)是目前数据量最丰富、应用最广泛的研究蛋白质相互作用的数据库之一。目前,String数据库已更新到Version 11.5版本。收录了超过14000个物种、6千多万种蛋白、200多亿个相互作用的信息。这些蛋白质相互作用既包括直接的物理作用,也包括间接的功能相关性。通过STRING数据库,我们可以很方便地检索已知蛋白间的互作关系,有助于更好地理解生物体中复杂的调控网络。

String数据库中所有关联证据主要来源于:实验数据、文本挖掘数据、数据库数据、基因邻接、基因融合、基因共表达。用户可以单独使用每种方法的数据,也可以组合使用。该系统会对不同方法得到的数据给予一定的权重,给出一个综合评分,以0-1的范围表示该互作关系的置信度。从11.0版本开始,String支持上传整个基因组水平的数据集,可以让用户把数据集可视化为互作网络,以及对整个输入的数据做基因富集分析,包括GO、KEGG富集分析。

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